ネザーゲートを制する者は移動を制す!
ということで
複数のネザーゲートを設置して、移動を便利にしよう。

ゲートの繋げ方は意外と簡単です。
地上とネザーの座標が8:1でリンクしているのは知ってると思います。
ですから、地上とネザーでゲートを繋ぎ合わせるには、単純にリンクする座標にゲートを置けば良いのです!
ただし、Y座標(高さ)は同じにします。
例えば地上の(40,64,-800)に対応するのはネザーの(5,64,-100)ってことですね。
多少座標がずれていた場合は基本的に近い方(3次元で)に飛びます。
これを上手く利用すれば、一方通行の、例えば登り専用とかのゲートを作れますね。
注意点として、ゲート同士の距離が近いとたまに混線するようです(1.6.2マルチで確認)。

また、ネザーゲートを破壊するのって少し躊躇いますよね。
でも座標さえ合えばゲートは繋がるんですから、何度壊そうが問題ないのです。