minecraft_server.x.x.x.jarをJava(TM) Platform SE binaryで起動しようとすると、
[INFO] Generationg new propaties file
[WARNING] Failed to save server.propaties
などと表示されて、上手くいかないときの対処法です。

対処法
コマンドプロンプトから起動すると上手くいくと思います。では、その手順を説明します。

①minecraft_server.x.x.x.jarが置いてあるフォルダを開きます。

②上のパス部分にcmdと打ち込んでEnterを押します。すると、コマンドプロンプトが起動します。

③次のコマンドを実行します。
java -Xmx1024M -Xms1024M -jar minecraft_server.x.x.x.jar nogui
x.x.xは自分のバージョンに合わせて変更して下さい。
参考:https://minecraft.net/downloadの最後

④ファイルの生成に成功したら、これ以降は通常のサーバーの建て方と同様です。eula.txtでeula=trueに変更してから、もう一度コマンドプロンプトでサーバーを起動して下さい。

あとがき
正直に言えば、なぜ普通の方法で起動できなかったのか、なぜコマンドプロンプトからなら起動できたのか、いまいちよく分かりません。とりあえず、サーバーを建てることには成功したので良しとしました。

2015/12/2 現在 最新版 1.8.8